肝胆外科是国家教委批准的首批硕士研究生培养单位，是目前自治区实力雄厚、床位最多的肝胆外科之一。临床医疗工作涵盖了肝脏外科、胆道外科、胰腺外科、移植外科、微创外科与外科营养等专业。2012年被授予国家临床重点专科，2008年被授予自治区领先学科，1998年被自治区卫生厅授予"内蒙古自治区肝胆胰外科诊断治疗中心"。该科以肝胆胰腺外科为特色，擅长疑难杂症的外科诊治及微创治疗，每年完成肝胆胰外科手术数千例。肝脏外科：秉承精准肝切除的理论和技术体系，开展了标准左、右半肝切除术，解剖性肝段切除、肝中叶切除、肝三叶切除、多肝段联合切除、尾状叶切除等一系列高难度的根治性肝切除手术，取得了良好的远期疗效。在门静脉高压症的分流和断流手术处理方面也有丰富的经验。胆道外科:除常规开展胆管癌根治术、胰十二指肠切除、胰体尾癌切除术、胆囊癌根治切除等手术外、对复杂胆道疾病的外科治疗，如肝内胆管结石，肝门胆管癌根治联合半肝切除，以及各种复杂胆道狭窄和先天性胆管囊肿的外科治疗处于区内领先水平。胰腺外科:除常规开展胰十二指肠切除、胰体尾切除术，还开展了保留幽门的胰十二指肠切除术、胰头癌扩大根治术、癌浸润段门静脉切除重建的胰腺癌根治性切除手术、胰头部分切除术、中段胰腺切除术、胰管切开取石及胰管空肠吻合术、胰岛细胞瘤摘除术、重症出血、坏死性胰腺炎手术处理等一系列高难度手术，达到区内领先水平。微创外科:开展了腹腔镜下肝切除术、脾切除、胰体尾切除及胰腺良性肿瘤摘除、胆总管探查取石术、以及内镜治疗胆道狭窄和结石以及肝脏肿瘤的射频消融治疗等新技术，并在机器人辅助微创手术方面有一定造诣。肝脏移植:开展了背驮式及原位式肝移植术，取得了良好的远期疗效。肝胆外科，现拥有48张病床，目前有主任医师7人，副主任医师3人，博士生导师1人,硕士生导师3人，拥有博士学位者9人，硕士学位者2人，在日本作访问学者3人，具有很强的技术力量。该科还承担了医学院本科生、研究生、进修生、规培生及住院医生的教学与培训任务。近十年获内蒙古自治区自然科学一等奖1项，省、市级及学校各类科研教学成果奖10余项，承担国家自然科学基金3项，省厅级科研项目20余项，科研经费300余万。在国内外核心期刊发表学术论文100余篇，SCI20余篇，主编参编专著10余部，授权国家专利3项。肝胆外科正以精湛的技术、优良的服务，认真的教学，严谨的科研稳步前进。