建院初期，科研教学工作由医务科管理。1983年院学术委员会成立，主攻科研项目及学术研究。随后，医院又相继成立研究室、研究所。2009年医院科教科成立，科研教学工作由医务科移交到科教科管理。2018年科研部成立，全面负责医院科技发展规划及科研计划、组织实施、项目管理、合作交流、监督评估、科技产出和成果转化等管理工作。近年来医院不断加大科研创新工作的投入力度，通过一系列的科研管理工作，如设立院内科研基金、落实科研奖励措施、制定科研管理制度等，鼓励职工积极投身科研工作，提高医护人员的科研素质，培养了一大批科研、临床复合型人才。"十三五"期间，医院致力于科研工作提升，共获批科研项目16项，科研经费180万元，学术期刊收录论文数量300余篇，获得1项内蒙古自治区自然科学奖三等奖。2019年"内蒙古自治区居民心理健康状况调查"项目顺利完成，对全区12300名18岁及以上常住居民开展调查，首次取得详实的全区各类精神障碍发病率和卫生服务利用情况的数据，为下一步全区精神卫生政策的制定提供了科学的依据。医院科研工作的不断进步，为精神卫生学亚专科及相关学科的发展注入了新的活力。科研部内设机构包括：项目管理办公室、学科管理办公室、成果管理办公室、实验室管理办公室和伦理管理办公室。