巴彦淖尔市医院内分泌科是巴彦淖尔地区最具影响力科室之一，科室集医疗、科研、教学、康复、预防、保健为一体，共有13名医生，12名护士，全部为本科以上学历，其中博士1名，硕士4名，糖尿病专科护士4名；有高级职称医生6名，其中主任医师3名，副主任医师3名，科室骨干均在北京协和医院、解放军总医院北京301医院、北京中日友好医院等国内知名医院进修学习，学术交流，科室共有病床45张。科室开展糖尿病、痛风、骨质疏松症、肥胖症等代谢性疾病、下丘脑垂体疾病（垂体功能减退症、垂体瘤）、甲状腺、甲状旁腺疾病、肾上腺疾病（如皮质醇增多症、醛固酮增多症）、性腺疾病的诊断与治疗。尤其是在糖尿病、甲状腺疾病领域、内分泌性高血压、水电解质及酸碱平衡等方面具有丰富的临床经验。2018年8月份内分泌科按照"一个中心，一站式服务，一个标准"原则筹建的本地区首家"国家标准化代谢性疾病管理中心"试点试运行，开始为本地区肥胖、糖尿病、高血脂症、痛风等代谢性疾病患者提供全过程的标准化管理。