内镜中心成立于2017年4月1日，使用面积2000余平米，布局合理，设备精良。内设麻醉科及护士站，专职麻醉师3人，专业护理人员16人，主任护师1人，副主任医师3人，付主任护师2人。新成立的内镜中心，秉承整合医学的理念，对全院内镜检查实行一体化、标准化管理。使全院设备资源、人才资源、技术资源得到了最大优化。内镜中心涵盖全院的内镜检查和治疗，包括了电子喉镜、电子气管镜、电子胸腔镜、电子胃肠镜、膀胱镜、乳管镜等，各专科医生都能来内镜中心给患者检查和治疗。目前逆行胰胆管造影术《ERCP》、早癌粘膜下肿瘤切除术《ESD》，和电子支气管镜镜下治疗，患者不用开刀便在自然腔道进行微创治疗，病人痛苦小治大病，是巴彦淖尔市医院内镜中心的一大特色。内镜中心通过规范化、标准化管理，已成为当地临床治疗、科研教学、规范化清洗消毒培训基地。