1992年12月医院根据三级甲等医院的要求，在原检验科的基础上正式组建输血科，输血科完全与检验科分开，成为独立的医技科室。现设主任办公室、血型配血室、血疗血细胞分离室、值班室。现有正式职工8名，其中临床副主任检验师1名、主管检验技师2名、检验技师5名。目前科室的血液制品已实现电脑管理。血型维护、血液入库、血液出库、配血管理、数据统计、病人记费、血型报告、交叉报告等均由电脑来完成，从而避免了许多人为因素差错的发生。工作人员严格遵守国际输血协会道德委员会颁布的《献血和输血的伦理规范》中的各项条例。科室主任现担任新疆维吾尔自治区输血协会副理事长、临床输血管理委员主任委员、新疆维吾尔自治区临床输血质量控制中心主任委员等职务。输血科成立以来配合各医疗机构和采供血机构完成多期《临床输血新技术》学习班，在全国核心期刊发表文章近10篇。参与发行的有《体液免疫检测与临床》、《临床实验室文件化管理与指南》、《难产、分娩期并发症》等书的编著。担负着新疆医科大临床检验专业的学生实习工作，以及新疆卫校检验班和伊犁卫校检验班的实习生的实习工作。还承担着新疆维吾尔自治区临床输血质量控制中心的各项工作和任务。并负责对全疆各级医疗机构临床输血进行规范化管理。科室业务输血科的工作任务是为临床提供安全、科学、有效地临床输血治疗工作。是集实验、诊断、治疗、供应为一体高风险特殊的医技科室。负责临床输血的统计和调查临床输血治疗的疗效与评估，指导和配合临床各科室临床输血技术规范的管理。严格按照卫生部颁布的《临床输血技术规范》来操作和管理血液制品。遵守国家的法律法规，保证血液的来源统一由乌鲁木齐市血液中心供应。输血科每年承担医院临床各种血液成分约500万毫升左右，成分输血比例现已达到99%以上，全血及成分血临床输血适应症达到≥90%，并能为临床提供全血、悬液红细胞、单采血小板、洗涤红细胞、冷沉淀凝血因子、新鲜冰冻血浆、普通冰冻血浆、以及Rh阴性血型的以上所有血液制品。输血科现开展的检测项目有：ABO血型正反定型、Rh血型系列定型、卡式配血、聚凝胺配血、抗人球蛋白配血、酶配血、盐水配血、Coombs试验、新生儿溶血病的三项检测、孕妇产前血型检测和抗体效价滴定、自身输血、Rh阴性自身输血、自体血激光磁化充氧紫外线血疗仪治疗新生儿脑瘫，以及利用血液细胞分离仪进行病理性血液成分去除和血浆置换（如真性红细胞增多症、重症肺心病、急性白血病、格林巴利等）的治疗。