内镜中心位于医院二期大楼4楼，在当今外科微创化，内镜精细化的发展趋势下，在二附院党委和院领导的亲切关心和关怀下，科室面积约860平方米，有预约登记室、第一候诊区第二候诊区，六间诊疗室，两间内镜清洗消毒间，一间麻醉复苏室。科室现有医护人员共9人，其中医生4名，护士5名，硕士研究生2名，大学本科4名，大专3名。包括副主任医师1名，主治医师2名，住院医师1名，主管护师3名，护师2名，所有医护人员均经过严格专业的临床规范化培训及内镜培训，具有过硬的专业技术。目前科室配备放大内镜、爱尔博高频电刀、日本OLYMPUS公司290电子内镜主机和260主机各一台、OLYMPUS公司最先进的超声内镜、OLYMPUS公司290、260系列电子胃肠镜、放大胃镜、十二指肠镜、电子纤支镜、床边纤支镜、以及完备的消化、呼吸内镜下诊治辅助设备。科室还拥有一体化的先进内镜清洗消毒系统，能规范、快捷地清洗消毒内镜，有效地杜绝了内镜诊疗过程中的交叉感染，确保医疗安全。配备麻醉复苏监测系统，保障术中及术后复苏安全性。科室开展的技术有电子胃镜技术、电子结肠镜技术、电子支气管镜技术、无痛内镜检查术、经十二指肠镜逆行胰胆管造影检查术(ERCP)、幽门螺杆菌检测的13C、14C呼气试验设备等，受到了广大患者的热烈欢迎，每年完成内镜诊疗病人10000余人次，内镜下微创手术1380例/年，无痛内镜诊疗占39.6%，科室除开展常规的胃镜、结肠镜和支气管镜检查外，还开展了消化道早癌的精查，消化道早癌的检出率约12.1%，同时擅长内镜下微创手术治疗胃肠道息肉。还能开展代表着目前国际内镜诊疗最高水平的逆行性胰胆管造影术(ERCP)、消化道早癌及黏膜下肿物黏膜剥离术（ESD）、贲门失弛缓症经口内镜食管下段括约肌切开术（POEM）以及经内镜隧道技术（STER）的开展标志着我院内镜诊治科的诊疗技术水平日趋成熟与完善，并达到新疆先进水平。我们的口号是"发现一例早癌，幸福一个家庭，挽救一条生命。"