心胸外科始建于1954年，历经三代人的努力，目前的专业技术能力处于国内先进水平。2007年12月与中南大学湘雅二院结成友好协作医院，高起点、高水平的建立心脏外科专业；在湘雅二院的强有力的技术支持下，目前我院心胸外科能够开展心胸外科几乎所有手术。科室的专业主要涉及九大领域，其中胸外科的五大领域：食管外科，气管外科，纵隔脏外科，胸廓外科，肺外科；上、中、下各段食管癌的切除重建术，包括结肠代食管术；实现患者食管癌手术后23年健在的佳绩；我院在全疆率先为原发气管窿突癌患者实施癌肿切除气管窿突重建术。90年代初在西北率先成功实施中心性肺癌的"双袖"式肺叶切除。2005年在国内最早成功实施"Y"型人造血管上腔无名静脉置换纵隔肿瘤切除术。在新疆率先完成胸腔镜辅助食管切除术和胸腔镜辅助小切口肺叶切除术、胸腔镜下高选择性迷走神经离断治疗重症哮喘。心脏外科的四大领域：先天性心脏病，瓣膜病，冠心病，大血管外科。目前开展的项目有：冠状动脉搭桥术；心脏瓣膜转换术、主动脉全弓转换术和大动脉支架植入术。各种先天性心脏病矫正术，包括各种复杂先天心脏病，如：法乐氏四联症、肺动脉闭锁、大动脉转位等手术；大血管外科包括全主动脉弓置换术等。