作为肿瘤医院的品牌科室，乳腺甲状腺外科拥有乳腺外科（8楼）和甲状腺外科（7楼）两个病区。乳甲团队因卓尔不群的高品质医疗服务享誉疆内外，深受各族患者的赞誉和肯定。由全国劳模、全国五一劳动奖章获得者、全国白求恩式好医生、肿瘤医院名医、乳癌甲癌首席专家、自治区有突出贡献专家、优秀留学归国人员马斌林教授领衔，引领全疆乳腺癌和甲状腺癌规范化诊疗事业，并因此获得"国家肿瘤质控中心区域乳腺癌规范化诊疗示范建设单位"。精湛的手术技能、前沿的学术思想，是乳甲团队孜孜不倦追求的目标并服务于患者。尤其擅长乳腺癌和甲状腺癌早诊早治，精准诊断、个性化治疗、乳癌保乳术及乳房重建整形等诊疗技术，有机会为患者带来治愈的希望。乳甲团队最大责任是为患者提供多学科诊疗模式（MDT）,制定精准个性化诊疗方案，将全过程全方位的患者管理理念贯彻始终。诊疗范围：一、乳腺肿瘤：1、乳腺癌术后乳房自体或异体植入乳房即可或择期乳房重建再造整形术；2、早期乳腺癌前哨淋巴结活检及保乳根治术；3、乳腺癌改良根治术；4、巨大乳房缩乳术、乳头成形术；5、B超或钼靶定位下乳腺微小病灶精准切除术；6、各类乳腺良性肿瘤微创旋切手术；二、甲状腺肿瘤：1、全腔镜辅助下甲状腺癌根治术；2、胸乳、腋乳或全乳晕入路腔镜辅助下甲状腺切除术；3、经口腔无痕甲状腺切除术；4、甲状腺癌腺叶或全甲状腺切除根治术；5、甲状腺癌颈淋巴结转移选择性或全颈淋巴结清扫术；6、胸骨后或巨大甲状腺肿瘤切除术；7、术中喉返神经监测术、喉返神经松解术；8、甲状旁腺示踪显影术、甲状旁腺移植术；9、头颈部巨大肿瘤切除及修复术；年门诊量六万余人，收治病人过万人，手术八千例以上。接受治疗的乳腺癌和甲状腺癌患者的5年生存率高于全国平均水平。科室现有63名医护工作者，党员20人，博士生导师1人、硕士生导师6人、主任医师5人、副主任医师4人、主治医师6人、住院医师3人、在读博士研究生10余人。近年来主持国家自然基金5项，自治区自然基金20余项，自治区创新团队项目1项，自治区重点实验室项目1项，科技支疆项目3项，院内项目2项，获"自治区科技进步二等奖"2项，"自治区科技进步三等奖"2项，"新疆医学科技进步三等奖"1项；在国际、国家级及省级核心期刊发表论文两百余篇，专著12部，参编教材1部。