新疆儿童医院神经外科在成立初始就针对儿童和新生儿患者的特点对科室人员及设备进行优化，使之符合儿童病人的要求。科室具备较完善的神经外科设备，人员配置高、中、初级三级管理体系，业务范围涉及新生儿及儿童神经系统先天畸形、肿瘤、外伤、功能等方面，具备较为完善的救治体系，曾多次开展疆内首例手术，填补疆内空白，在国内处于先进水平。