防治科是医院承担全省麻风病、性病/艾滋病防治、疫情监测、培训、宣传、科研及对各市县皮防机构的业务督导等工作的重要科室。科室由有丰富的麻风病、性病/艾滋病防治经验的主任、副主任医师等组成，在麻风病防治工作方面：负责全省麻风病的诊断、治疗、重症救治、畸残康复、病人管理等工作。在性病/艾滋病防治工作方面：负责全省性病疫情管理与监测、性病规范化诊疗、性病实验室等级评定、高危行为干预等性病工作；"海南省艾滋病抗病毒治疗技术指导及管理中心"工作主要由防治科完成，同时还负责全省艾滋病病人的抗病毒治疗、随访工作，艾滋病免费自愿咨询检测管理与协调工作；具体承担国家级艾滋病哨点、性病监测点的监测任务。在科研方面：承担并完成多项国家、省部委科研课题。防治科是一个团结互相、齐心协力的科室，我们的信念是："不岐视病人，挽救每一个可以挽救的生命，为每一个病人服务"，我们相信："投入才有回报，敬业才有荣誉"。