胃肠肛门外科是龙岩市以治疗胃肠道肿瘤及胃肠道良性疾病的特色专科，是龙岩市首批临床重点专科之一，也是龙岩市的胃肠肿瘤治疗中心。2009年率先在闽西引进微创理念，近年共完成腹腔镜胃癌、结直肠癌根治性手术3000多例。参加开展的腹腔镜辅助手术治疗低位直肠癌的前瞻性、多中心、随机、开放、平行对照、非劣效临床研究；参加开展Class-04胃癌保脾脾门淋巴结清扫全国多中心研究。胃癌患者手术后五年平均生存率为44.5%，肠癌手术患者五年平均生存率为67.7%，高于全国胃肠癌患者术后平均生存率。同时，科室紧跟新技术在临床运用，开展减重手术治疗II型糖尿病，取得佳绩。近年来，科室在SCI及CSCD等杂志上发表专业论文10余篇。作为龙岩市胃肠外科领军式团队，胃肠肛门外科团队在国内外各种高水平竞赛中屡创佳绩，标志着龙岩市第一医院胃肠肛门外科在腹腔镜胃癌手术领域中，得到国内权威的认可。原痔疮科并入胃肠外科后，目前有三位医疗组组长均到广州中山六院专科进修，开展肛肠疾病专业诊疗，手术操作规范合理，给闽西肛肠病人带来福音。