福建医科大学附属第二医院是闽南地区最早成立内分泌代谢病专科的医院之一，专业组于1985年开始筹建，1987年正式成立内分泌专科，建立了福建省内最早的糖尿病研究室，2010年成立独立病区，2015年在东海院区组扩建新内分泌专科门诊及病房，2017-2018年间先后成为"国家标准化代谢病管理中心（MMC）"、中国糖网筛防工程"及"中国糖尿病足联盟"的核心成员单位，并通过国家药物临床试验（GCP）专业认证，是"泉州市糖尿病质控中心"的挂靠单位，是"中华医学会糖尿病健康教育管理认证单位"，2019年获学术型及专业型博士点授权。同年，两院区内分泌专科病房合并，设置于东海院区。科室在临床、教学、科研等方面均具备雄厚的综合实力，是处于省内大型医院第一方阵的内分泌专业团队。内分泌代谢病科现有医护人员39人，其中教授3名、主任医师6名，副教授5名、副主任医师4名，主治医师9名，住院医师3名，副主任护师1名，主管护师4名、护士9名。其中具有博士学位者5人，在读博士4人，在日本留学1人，在美国留学人员2名。内分泌代谢病科目前设有45张床、拥有内分泌门诊、内分泌实验室、代谢病管理中心、糖网筛防中心、临床药物试验机构（GCP）专业等单元。科内有7人分别担任福建医学会内分泌学分会副主任委员、福建医学会糖尿病学分会副主任委员、福建医师协会内分泌代谢科医师分会副会长、福建省糖尿病质控中心副主委、中国糖网筛防工程福建省专家委员会副主委、福建省海医会内分泌分会副会长、泉州市糖尿病质控中心主任委员及其他多个学会的委员等重要学术职务。科室主办历年京泉海丝论坛、泉州市糖尿病质控年会等重要会议。2015年起先后与骨科、甲乳外科、血管外科、放射科等合作开展"骨质疏松""糖尿病足""原醛症""甲状腺结节"临床治疗和研究，组建多学科诊疗团队。近3年科室负责国家级、省部级及市厅级课题共30余项，共在国内外核心期刊发表学术论文50余篇，其中在SCI期刊上发表30余篇。