福建医科大学附属第二医院疼痛科是新兴的临床科室，可以集中收治慢性疼痛性疾病患者、承担医院内各科室难治性疼痛患者会诊处理任务、满足院外各类疑难治性疼痛患者就诊需求。疼痛科先后配备了"射频"、"臭氧"、"冲击波"、"吗啡泵"、"神经电刺激器"等现代疼痛治疗设备，开展了多种慢性难治性疼痛治疗技术。目前疼痛科有4位医师，其中主任医师1名、副主任医师1名。疼痛科的设立符合我院"十三五建设规划"中提出的提升"急重难"的诊疗能力、打造"高新特"的技术品牌的策略要求，让院内外"难治性疼痛"患者痛有所医。当前，疼痛科业务范围主要在门诊，主要疾病谱包括癌性疼痛与非癌性疼痛：前者主要为难治性癌痛；后者包括：带状疱疹性神经痛、三叉神经痛、颈源性头痛、颈源性背痛、盘源性腰痛、椎间盘突出症、四肢骨关节疼痛、难治性软组织疼痛、骨质疏松症疼痛、手术后慢性疼痛、不明原因胸腹盆腔内脏痛及会阴痛；以及非疼痛的其他病种，如顽固性失眠症、突发性耳聋、周围性面瘫、过敏性鼻炎、糖尿病足、痛风和强直性脊柱炎以及需要镇痛镇静处理终末期患者等。目前疼痛科的治疗技术主要有："DSA引导经皮半月神经节微球囊压迫或射频治疗三叉神经痛"、"神经调控治疗带状疱疹性神经痛和其他原因导致的神经痛"、"吗啡泵植入治疗难治性癌痛"、"腹腔神经丛毁损治疗顽固性内脏痛"、"难治性软组织疼痛的阶梯治疗"、"麻醉诱导睡眠配合臭氧自体血回输治疗顽固性失眠症"、"椎管内或静脉途径PCA进行终末期患者镇痛镇静处理"等等。