二病区是综合感染性疾病科和呼吸内科的专业性科室；是创三级乙等医院临床重点专科；是孟超肝胆医院肝病医疗联合体、福建省基层呼吸疾病医疗联合体的成员单位。现有医护人员25人，其中主任医师、副主任医师各1人，主治医师4人，副主任护师1人、主管护师3人。科室设备齐全,目前拥有电子支气管镜、肺功能测定仪、睡眠呼吸检测仪等设备；设有呼吸科、感染科，承担全市艾滋病、结核病人的归口管理工作。科室医务人员技术力量雄厚，几年来先后到上海、福州、泉州等大型医院进修，对内科危重病及抢救具有成熟经验。科室曾被泉州市团委评为"泉州市新长征突击队"的光荣称号。近6年来科室承担和参与省、市、县级科研项目共11项，获得南安市科技进步奖4次，发表论文7篇，参编医学书籍2部。