病理科筹建于1989年，现有人员4名，其中副主任医师1名，主治医师1名，住院医师1名，技师1名。科室拥有德国徕卡2245半自动切片机，病理图文分析报告系统，液基薄层制片机、全自动封闭式脱水机、日本奥林巴斯BX51和德国徕卡DM3000半自动显微镜、德国徕卡1950冰冻切片机、麦克奥迪病理远程会诊平台、杭州德同分子病理原位杂交仪等较先进设备。2005在泉州地区率先开展液基薄层细胞学技术应用于妇科宫颈癌的筛查。并主持或主要参与多项科研项目，并获得南安市级三等奖1次。在CSCD等国家级核心期刋及省级期刋发表论文20多篇。目前开展了肿瘤病理诊断、免疫组化应用于肿瘤诊断与治疗、手术中快速冰冻病理诊断，建立病理远程会诊平台，开展分子病理HPV（人乳头状病毒）检测，DNA倍体分析应用于肿瘤细胞学诊断，同时担负着区域病理会诊及病理技术指导。