小儿外科在王祖耀博士的带领下经20几年的发展，已成为福建省医疗设施先进技术力量最雄厚的小儿外科单位。目前年住院数超过3000人次、手术量超过2500例，微创手术占比70%以上，是泉州市市级重点专科建设单位。开展的多种手术填补了我省及我市小儿外科的空白，本科独立完成国内首例产房外科腹裂修补手术及两例联体婴儿分离手术，各级新闻媒体(包括中央电视台)多次报道。科室现拥有主任医师3名、副主任医师6名，主治医师5名，住院医师7名。其中博士学位1名、硕士学位4名。各级医师经常参加国内外学术交流及深造。目前已开展胸腹腔镜、小儿普外、新生儿、矫形、泌尿、普胸、肿瘤等方面的手术。发表国家及省级论文30多篇。各亚专业介绍：小儿普外科：诊治疾病包括：颈前各种肿块及瘘管；胆总管囊肿、胆道闭锁、胰腺囊肿等各种肝、胆、胰、脾疾病；先天性巨结肠、肠重复畸形等胃肠道先天性畸形；腹股沟斜疝等各种疝；肛瘘；急性肠套叠、嵌顿疝、急性阑尾炎、急性肠梗阻、急性消化道出血、急性胰腺炎、腹部外伤等各种小儿外科急腹症、各种良恶性肿瘤、淋巴管瘤等。我科已开展的高难手术包括：具有国际水平超微创漏斗胸矫治术、经肛门巨结肠根治术、联体儿分离术、寄生胎切除术、胆管扩张症胆管切除、胆道重建术、膈膨升折叠术食道裂孔疝修补术、肺叶切除术、直肠会阴瘘修补术、各部位的良、恶性畸胎瘤切除术。将直肠肛门测压技术率先用于儿童排便功能障碍的诊断治疗。新生儿外科：诊治疾病包括：食道闭锁、食道裂孔疝、先天性膈疝、腹裂、脐膨出、十二指肠闭锁、环状胰腺、幽门肥厚、先天性肠旋转不良、肠道闭锁、胆道闭锁、先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形肛等。我科已开展高难手术包括：食管闭锁食管吻合术、环状胰腺矫治术、肠闭锁吻合术、肠旋转不良矫治术、肛门直肠畸形腹会阴肛门成形术、前（后）矢状路肛门成型术、新生儿胎粪性肠梗阻矫治术、腹裂脐膨出修补术等。小儿泌尿外科：诊治疾病包括：泌尿系畸形的矫治和重建，如肾畸形、肾积水、输尿管积水和囊肿、膀胱输尿管返流、尿道下裂、尿道上裂、两性畸形、泌尿系肿瘤如肾母细胞瘤等的治疗。开展的手术：尿道下裂成形术、肾积水肾盂输尿管吻合手术、输尿管膀胱再植术、隐匿阴茎矫正术、睾丸下降固定术、包皮环扎术等。熟练的应用腹腔镜、内镜开展诊断及治疗。建立了儿童尿流动力检测室。骨科：诊治疾病包括：各种先天与后天畸形（发育性髋关节脱位、先天性髋内翻、先天性马蹄内翻足、膝内外翻畸形、脑瘫后遗症等）、创伤、骨关节疾患。我科已开展的治疗：骨折弹性髓内针固定术、发育性髋关节脱位早期筛查及多手段治疗；先天性马蹄内翻足、膝内、外翻畸形采用支具矫正或采用多种不同手术以矫正畸形。微创外科技术：胸、腹腔镜手术（巨结肠根治术、食道闭锁吻合术、胆总管囊肿根治术、膈疝修补术、膈肌折叠术、漏斗胸矫治术、幽门环肌切开术、阑尾切除术、美克尔憩室切除术、睾丸下降固定术、疝囊高位结扎术等几十种）。