1990年3月，经莆田市编制委员会研究同意，医院成立总务科，为副科级单位。1999年底，医院成立后勤管理中心，下设水电部、物业部、物资供应部、膳食部、被服管理部、汽车班和基建办等7个部门，通过公开竟聘的方式，公开招聘后勤管理中心主任，并制定各部门的岗位职责和后勤管理制度。2007年，根据医院的统一部署，对后勤管理制度和岗位职责进行重新修订和整理，制定岗位职责11条、后勤管理工作制度14条、医疗废物管理制度7条，使后勤管理工作制度完善、职责明确、办事有序、动作快速。同时，为预防、控制院内水、电、汽运行故障和消除突发卫生、自然灾害等事件的危害，制定后勤保障支持系统架构和10个相关专业应急预案，把应对突发事件管理的各项工作落实在日常管理之中，为职工和病人的身体健康和生命安全，提供有效的组织实施后勤人力物力的支持和保障工作。2009年，随着医院医疗卫生事业的发展，医院的基础设施不断更新，规模不断扩展，医院报莆田市编制委员会研究同意总务科改为后勤保障部。