呼吸科为医院重点学科之一，经十几年的努力，目前呼吸科具有很强的临床医疗、科研和教学的综合实力，是福州市医学会呼吸病学分会主委单位。现呼吸科设二个病区和RICU（呼吸重症监护病房），共有130张病床。开展医疗项目：呼吸科还设有肺功能室、雾化室、变应原检测室、脱敏治疗室和呼吸实验室等并开展以下项目：1、支气管镜检查与治疗2、内科胸腔镜检查与治疗3、变应原检测4、支气管扩张与激发试验5、血液气体分析6、呼吸功能各项检查7、脱敏治疗8、无创或有创机械通气技术9、盐气溶胶治疗二、呼吸科门诊10、CPAP治疗各型睡眠呼吸暂停综合征二、呼吸科门诊呼吸科开设呼吸内科门诊，哮喘专科门诊和慢性咳嗽专科门诊，周一至周六均设有专家坐诊，周日设节假日门诊。