福建医科大学附属第一医院肝胆胰外科、疝外科为国家临床重点专科，卫生部内镜与微创医学普通外科培训基地，中国医师协会腹腔镜外科医师培训基地和外科基本技能培训基地，福建省腹部外科研究所挂靠科室；具有肝移植资质，是省内率先开展肝移植的地方单位。科室在几代人的持续不懈努力下，临床、科研、教学齐驱并进，目前已建设成为福建省规模最大、专科技术覆盖最全面的肝胆胰外科和器官移植中心及疝与腹壁外科诊疗中心。现茶亭院区核定床位100张，滨海院区床位45张。每年专科手术例数及手术质量居全省领先地位，年收治病人达到3500余人次，完成手术2000余例次。另外，科室借助建设研究型医院和国家区域医疗中心契机，与复旦大学华山医院全面深度合作，以高质量发展铸造"新世纪品牌"。人才队伍科室拥有一支团结奋进、结构合理的医护团队，科室医生中博士学位16人，主任医师、教授6人，副主任医师、副教授6人，硕博士研究生导师12人。学科带头人翁山耕教授、博士生导师，现担任附一医院副院长，福建省腹部外科研究所所长；兼任中华医学会外科学分会疝和腹壁外科学组委员，中国医师协会外科医师分会常委，中国医师协会微创医学分会胰腺专业委员会委员，中国人体健康促进会疝和腹壁外科专业委员会副主任委员，福建省医学会外科学分会副主任委员，福建省抗癌协会副会长，福建省肿瘤预防和控制委员会副主任委员。诊疗特色诊疗水平全面雄厚，是省内唯一可实现技术全面覆盖，在肝胆胰良恶性肿瘤的综合诊治，各类常见及复杂肝胆胰疾病的手术、内镜、介入治疗，各类肝移植，复杂疝和腹壁疾病等本领域亚专科方面，均可提供各项技术服务。尤其在手术治疗技术方面，是省内最早开展腹腔镜肝胆胰微创手术和肝移植的单位之一，现已实现开放手术、腹腔镜、机器人"三栖马车"齐驱并进、全方位发展，历年来在省内率先开展多项新技术，达到国内先进、省内领先水平。教学水平承担福建医科大学多专业多层次的临床教学工作，薪火相传、桃李遍地，历年来培养的医学本科生、硕士生、博士生及规培、专培学员，遍布省内外各地，在各自的工作岗位发挥了重要作用，深受各单位好评。科研发展依托福建省腹部外科研究所平台支持，坚持临床科研和应用基础科研并举，历年来承担包括国家自然科学基金、教育部科技项目在内的多项国家级和省部级科研项目及多个临床药物试验；累获省科技进步奖在内的多个奖项；在专利申请和临床转化方面也颇有建树。在国内外刊物发表大量论文，包括多篇SCI文章。