福建医科大学附属协和医院病理科是福建省内独立建制的病理科。科室成立初期，仅有2名医师，1个技术员，科室面积仅100余平方米，科室各种设备总价值仅几万元，仅能手工制作常规的HE切片和细胞涂片。在医院历届领导的大力支持下，在杨发端教授等老一辈主任的领导下，协和医院病理科已经发展成为30余人的大科室，占地面积1600余平方米，科室各种设备总价值1000余万，具有各种现代化的病理专用设备，在省内较早开展免疫组化染色，现可以开展上百种免疫组化检测。2011年被批准为福建省住院医师规范化培训基地。2011年科室成立分子病理室，作为福建医科大学病理学与病理生理学硕士培养点，2012年开始招生硕士研究生。2013年建立肿瘤组织标本库。2014年福建省卫计委批准病理科设置临床基因扩增检验实验室。协和医院病理科是集医疗、教学、科研于一体，拥有一支结构合理、学历层次较高、年轻有活力的学科队伍，现有医技人员36名，其中正高4名，副高4名，中级10名，初级18名，专业人员结构趋向合理，形成梯队，全科人员都具有本科以上学历，其中具有博士学位1人，具有硕士学位12人；享受国务院政府特殊津贴专家1人，硕士研究生导师1人。病理科在大力发展分子病理的同时严格控制病理质量，科室积极参加国际、国内组织的各种质控活动，先后通过国家卫计委病理质控中心举办的"EGFR和Kras突变检测的室间质评"、"乳腺癌、胃癌HER2免疫组化检测质控评价"、"全国免疫组化室间质控"。荣获首届全国病理"迈新杯"免疫组织化学专业技术操作竞赛二等奖。2011年在中华医学会病理学分会举办的全国免疫组化测评比赛中荣获一等奖。2006年福建省病理质控中心举办免疫组化室间质评活动获一等奖，2008年福建省医学会主办的病理技术比赛二等奖，2014年福建省病理质控中心举办的免疫组化室间质评活动获二等奖。2014年获得福建省医疗机构临床基因扩增检验实验室技术审核证书。病理科共获得省卫生厅科技项目一等奖一项、二等奖四项和三等奖两项、省科技二等奖两项和三等奖五项。