福建省妇幼保健院病理科承担全院病理学诊断工作。现有工作人员19名，其中在职15人，高级职称医师6人，研究生学历5人。拥有自动冰冻切片机、全密封脱水机、石蜡包埋机、切片机、免疫组化机、新柏式液基薄层细胞制片系统、彩色病理分析系统、带显微摄像头显微镜等先进设备。2014年外检2万余例，细胞学诊断3万余例，术中冰冻近2000例，院外会诊近300例。历年来开展多项院内及省级课题，参加国家级课题。省内妇产科病理诊断位于前列。目前我院病理科的二大常规工作是活检和脱落细胞学检查。活检即活体组织学检查，现代化医院遵循的原则是任何从病人身体上采取的组织标本都必须有病理组织学检查报告。病理的主要任务就是判断疾病的性质,在收到标本后通过几十个精细、专业、繁琐的步骤制成几微米厚的病理切片，通过显微镜做出病理诊断。身体所有部位切取的组织、通过病理几乎都能得到明确诊断，或提供非常有用的疾病信息。脱落细胞学包括宫颈刮片、痰涂片、胸腹水及尿液涂片、各种组织穿刺涂片等。可以协助大规模肿瘤的普查，例如:子宫颈癌筛查、胃癌筛查等。病理科最具挑战性的工作是术中冷冻切片病理诊断，主要用于手术进行过程中的快速诊断参考，为临床手术治疗提供及时可靠的依据，协助决定手术范围和手术方式。另外，检测某些需保持其生物活性的抗原物质和抗体，也须采用冰冻切片病理诊断是疾病诊断的"金标准"。病理通过借助显微镜分析细胞及组织形态进行定性诊断，现今更是发展到分子水平，通过分子病理、基因测序、流式细胞术等为疾病定性。