福建中医药大学附属福州中医院病理科设病理诊断室、细胞室、常规技术室，免疫组化室、病理档案室等。医疗设备先进，常规开展项目：所有标本常规切片染色、术中冰冻切片、免疫组化、特殊染色、非妇科细胞学检查、液基细胞学检查、分子病理（包括FISH、基因突变、基因重排、原位杂交等）、非妇科液基细胞包埋蜡块免疫组化等，在疾病诊断、患者用药指导方面发挥了重要作用。科室与福建省肿瘤医院建立肿瘤病理诊断联合体，可以承接乳腺BRCA1、BRCA2基因检测、甲状腺Bra+V600突变基因检测、肺EGFR、卵巢BRAF基因检测及更多相关基因检测项目。分子病理基因检测是现代医学精准治疗的最好体现，"个性化癌的医学"核心是靶向治疗，靶向治疗已在某些癌患者的治疗中广泛开展。科室近年来共发表论文10余篇，主持省级以上课题３项，获福州市科技进步奖一次，"5.18"海峡两岸职工创新铜奖两次。