中医科成立于1962年，在上级组织及医院党委的坚强领导与直接关怀下，经过历代中医科主任的引领与全体中医人的不懈努力，形成具有中医内科、中医男科、中医痛症推拿科、中医针灸科、中医小针刀科、中医痔疮科、九〇〇国医堂等亚专科齐全的综合型科室，具备较强的军队卫勤保障能力，尤其在军事训练伤的防治方面先进明显。曾被评为"先进基层党支部"、"军事训练先进单位"、"基层建设先进单位"、教学"先进单位"、"新闻宣传先进单位"、爱国卫生工作"先进单位"等。荣获军队科技进步二等奖1项、福建省科技进步三等奖1项；参与研究课题荣获2015年福建省科技进步一等奖及中国中西医结合学会科技一等奖各1项、2018年福建省科技进步三等奖1项及2020年中国中西医结合学会科技三等奖1项。2002年11月至2004年6月期间，科室奉命委派高晖赴南美洲厄瓜多尔援外，荣获"总统勋章"。2018年5月至2020年9月期间，科室奉命委派林木南两次赴非洲坦桑尼亚援外，为坦国高层提供优质的诊疗服务，受到坦桑尼亚总统及政府的高度赞赏，为中坦之间的友谊做出重大贡献。