小儿外科经过30多年的发展壮大，已成为在省内著名、在国内有一定知名度的小儿外科专科诊疗中心，从建院之初仅有简易的门诊发展成目前具有小儿泌尿外科、小儿普通外科、小儿胸外及烧伤整形科、小儿肿瘤外科等二级专科，2018年5月小儿外科获批成为福州市2018年市级重点专科建设项目。小泌尿外科下设有省内先进的小儿盆底功能实验室，拥有完善的小儿尿流动力学检查、盆底功能诊断及训练系统，在小儿尿控及盆底功能疾病的诊治在省内及国内处于领先水平，日常开展尿道下裂矫治术、腹腔镜肾盂成形术及气膀胱手术等；小儿肿瘤外科是我省首家儿童肿瘤外科病区，开展小儿实体肿瘤手术、微创治疗、肿瘤化疗及输液港的应用和维护；普通外科开展腹部及盆腔各种常见病，新生儿疾病及疑难病诊断与手术治疗，尤其擅长腹腔镜微创外科手术如腹腔镜胆总管囊肿切除胆道成形术等；胸外科开展了小儿胸壁畸形矫正术20余年，漏斗胸和鸡胸的矫治术及胸腔镜肺叶切除术；烧伤整形科对小儿烧烫伤的救治，小儿创伤及先天性唇腭裂的修复、新生儿小下颌畸形的矫治具有丰富经验。