小儿内科创建于1960年，为闽东地区第一个对小儿疾病进行专科治疗的科室，现已发展由住院病房、儿科门诊、儿科急诊组成，专业较为齐全，集医疗、教学、科研、预防为一体的综合学科。是福建省儿科住院医师规范化培训基地，承担福建医科大学儿科临床理论课及见习、实习教学任务，是院级重点专科。编制床位66张，实际开放床位90张。现有医务人员41人，其中主任医师1名，副主任医师2名。科室配有心电监护仪38台、婴儿抢救台2台、暖箱4台，有创呼吸机3台、无创呼吸机1台。开展呼吸道疾病，包括小儿哮喘，上、下呼吸道感染性疾病，消化系统各种疾病，特别是小儿腹泻、胃肠道功能紊乱；泌尿系统疾病，肾炎、肾病综合征；各种急性中毒；各种急危重症；各种中枢神经系统感染性疾病；各种血液系统疾病；各种心血管系统疾病；各种营养性疾病；各种免疫性疾病，如川崎病、过敏性紫癜等诊治。