二附院消化科是脱胎于一附院消化科而建立的，遵义医学院第一附属医院消化内科始建于上世纪60年代，当时为内科消化专业组，在我省消化界老前辈黄天卫、付国华教授等的带领下，于70年代率先在贵州省开展纤维胃镜、纤维结肠镜检查，于90年代首先在我省开展Olympus电子胃镜、结肠镜检查。于1997年正式成立消化科。消化科成立后在科室建设、临床、教学、科研方面都得到了很大发展。2008年成为卫生部消化内镜诊疗技术培训基地，2010年成为贵州省临床重点学科，2011年成为贵州省消化内科和消化内镜质控中心，2012年成为贵州省消化疾病研究所。目前消化科有病房、门诊、内镜室、消化疾病研究室等部分，已形成具有一定规模、人才结构合理、诊疗设施完善的现代医学专科。消化内科为独立的临床医疗、科研科室。由病房、门诊、内镜诊疗室等部分组成，病房设床位22张。内镜诊疗室在我院内镜中心，拥有国际先进的电子胃镜、结肠镜、十二指肠镜、超声内镜、双气囊小肠镜、C型臂X光机、海博刀治疗系统等先进的内镜诊疗设备。