血液科成立于1974年，随着科室整体实力不断增强，已经逐步形成集预防、诊疗、科研、培训为一体的省级儿童血液重点专科。是青海省卫生健康委指定的青海省儿童白血病、血友病救治定点牵头医院，青海省唯一通过中华骨髓库审批的造血干细胞采集、移植医院。也是北京儿童医院、上海儿童医学中心儿童白血病诊疗协作成员单位。2021年10月，启动福棠儿童医学发展研究中心、爱佑慈善基金会、四川大学华西第二医院血液肿瘤科、我院血液科四方学科共建，将让更多的我省血液肿瘤患儿在省内就能及时得到高水平治疗。血液科现有专业技术人员36人，高级职称6人，中级职称20人。床位62张，其中百级层流移植病房1间，科室下设有血液病研究室。年均收治患儿3500余人次，专科门诊量1500余人次，重点收治各类白血病、实体瘤、血友病、血小板减少、各类贫血等血液系统疾病。2016年以来，科室先后开展全相合及半相合造血干细胞移植术，大大提高了白血病及其他恶性血液病患儿的生存率，儿童白血病缓解率达国内先进水平。