1997年，全国各省省级妇幼保健机构已相继成立，而西藏是全国唯一没有省级妇幼保健机构的省区，自治区卫生厅根据国家卫生部《关于加强妇幼卫生工作的决定》（卫妇发1995第2号）文件要求，于1997年4月28日在自治区人民医院成立了西藏自治区妇幼保健院筹建处，并积极着手筹建工作。2000年4月，自治区卫生厅组织专家对妇幼保健院三年的筹建及试运行情况进行了全面的检查和评估，认为：已基本完成了省级妇幼保健院的筹建任务，正式成立自治区妇幼保健院的条件已经成熟。西藏自治区机构编制委员会藏机编发[2000]13号文件正式批复成立西藏自治区妇幼保健院，并于2000年12月20日在自治区人民医院正式挂牌成立。自治区妇幼保健院挂靠于西藏自治区人民医院，其党务、行政、业务等工作，由自治区人民医院统一管理，业务上受自治区卫生厅基层卫生与妇幼保健处的指导。内设保健部、临床部，以自治区人民医院的妇科、产科、小儿科、新生儿科及相关科室为临床部，新组建妇女保健科、儿童保健科为保健部。自正式挂牌成立以来，在上级领导关心和支持下，妇幼保健院坚持"以保健为中心，以保障生殖健康为目的，保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主"的妇幼卫生工作方针，结合西藏实际情况，充分利用人民医院的卫生资源，发挥自治区人民医院临床和实验室优势，走内涵发展的道路，逐步完善其职能，积极拓展工作，使妇幼保健院的业务工作和队伍建设有了长足的进步。保健部在极其艰苦的条件下开始组建，积极开展母婴保健工作，拓展保健业务。先后开展了围产期保健、婚检咨询、产前检查、出生婴儿神经管畸形的预防、产后访视、儿童系统保健、新生儿访视、高危儿管理、生长发育监测和指导、喂养指导、儿童健康行为指导、托幼机构的保健管理、预防接种、四病防治、智力测试等，同时结合妇幼保健工作的新形势还相继开展了婴儿抚触、孕妇学校、新婚学校、部分母婴传播性疾病的阻断等业务。工作量逐年提高，门诊量由98年的4458人次提高到2007年的21645人次。保健部自98年开始承担全区妇幼年报统计任务，2004年开始承担全区"三网监测"工作，为国家和自治区卫生行政部门掌握我区妇女儿童的健康状况和影响我区妇女儿童群体健康的主要因素提供了可靠的依据，还参与了卫生部、联合国儿童基金会的项目培训和督导工作，并在力所能及的范围内承担了全区妇幼工作的技术指导、业务培训、宣教等工作。