西藏自治区藏医院外治专科成立于2008年，是藏医外治为基础的综合藏医外治专科，也是我区十五国家中医药管理局审批的首批国家级重点专科。内设重点专科门诊、专科病房、涂擦室、药浴提取车间等工作室，其中药浴中心病房开放药浴床位49张，同时设有藏医风湿病门诊、药浴提取车间、涂擦治疗室、放血室、火灸室、科研办公室、图书阅览室等。目前科室医护人员共有29名，包括医生12名，护士10名，技术工7名，其中科室学科带头人2名，学科继承人4名，全国藏医优秀骨干人员1名，主任医师1名，副主任医师3名，研究生导师2名及主管护师5名。科室从成立以来，注重发挥藏医传统诊疗技术，并以藏医药浴治疗为主，开展放血、火灸、涂擦、外敷、催泻、棍疗、头浴、脉泻等特色疗法。在腰椎间盘突出症、风湿、类风湿性关节炎、痛风、颈椎病、下肢静脉曲张病、强直性脊椎炎、骨性关节炎、肩周炎、面瘫，高原红细胞增多症、各种皮肤病、更年期综合症、骨折恢复期、中风康复期等众多疾病治疗和康复方面积累了丰富的经验，并有较好的疗效优势。目前科室99%的病人得到藏医外治疗法的特色服务，其临床疗效显著。科室在科研工作上，先后开展了国家级项目3项、自治区级5项、院级1项。从2020年开始承担"区域藏医外治诊疗中心"和"西藏自治区藏医风湿病临床医学研究中心"建设项目，目前拥有较强的科研团队。同时，科室以人才梯队建设和开展特色技术为宗旨，以提高科室整体医疗技术水平为目的，以更好的队伍和更好的水平，力争为患者病人提供更优质的服务。