骨科在原医院综合外科的基础上，于1994年正式成立,是全区唯一一家集教学、科研、临床为一体的藏医骨专科，是国家级重点藏医骨伤学科、国家新药临床研究科室、省级藏医重点特色专科，也是融藏、中、西医特色为一体的骨伤治疗基地。全科开设病床85张,医护人员共有30名,其中高级职称4名,中级8名(博士生1名、研究生3名)。配有藏医各种骨伤治疗仪器、"C"型臂床旁透照机等现代化医疗设备。本科室在藏西医结合的临床医疗模式的基础上，采取藏医为主，西医为辅的方法，能够较好的治疗骨科常见病及多发病。针对各种疑难病的治疗，院内率先设立了藏医特色疗法室，开展了涂擦、放血、火灸以及藏医手法整复、传统夹板外固定等特色疗法。研制了藏药安神熏香散涂擦剂、消炎天宝雷、藏红花泡剂、雪山一枝蒿涂擦剂、八味强化秦皮丸的特色制剂品种。在治疗腰椎间盘突出症、颈椎病、强直性脊柱炎、脉管炎、膝关节骨性关节炎、类风湿性关节炎的治疗方面，采用藏医特色治疗方法，形成了一个完整的治疗体系。可开展胸腰椎结核、创伤、儿麻矫形、四肢骨病等各种手术，尤其在先天性髋关节脱位切开复位，儿麻矫形等手术方面积累了丰富的临床经验，处于全区领先水平。骨科科室始终以科研推动科室发展为宗旨，大力加强科研工作，完成了藏药治疗外伤性骨折、颈椎病、腰椎间盘突出症等疾病的藏医诊疗标准和临床标准操作规程，藏医夹板外固定、各种牵引、涂擦疗法等护理操作规程。于2001年主办完成了全区藏医骨伤研讨会并且发表了论文集；2002年成功申报了国家新药临床试研究机构，先后承担并完成了新药"然降多吉"胶囊临床试验、"五花药浴"的临床试验及"奇正消痛贴"安全性和经济学研究；2013年再次召开全国藏医骨伤学术研讨会，并发行学术论文集。2010年被评为国家级重点藏医骨伤学科；2011年被评为国家级重点藏医骨伤专科。先后接收培养了西藏藏医学院、林芝、日喀则卫校以及来自四川、甘肃、青海、云南等地区的实习进修生，为全国培养了众多藏医骨伤人才。为了不断提高医疗技术，采取多种渠道，定期到四川华西医院、北京积水潭医院、洛阳正骨医院、中国中医科学院骨研所望京医院、成都中医药大学附属医院等进修学习。目前科室在教学、临床、科研等各方面取得了优异的成绩，成为藏医特色疗法突出、技术过硬、发展潜力较大的国家级藏医骨科和国家级藏医重点骨伤学科。