内窥镜诊疗中心是中山大学附属肿瘤医院院包科科室。配有电子胃镜、肠镜、支气管镜、显像系统及能进行诊疗操作的消化工作站。内窥镜中心目前可常规开展普通及无痛胃镜检查、普通及无痛肠镜检查、内镜下食管及胃内异物取出术、内镜下组织活检术。首次在藏东南地区开展肠镜诊疗；而且该中心和麻醉科紧密合作，使胃肠镜无痛化，内镜诊疗平和进行，解除患者对内镜检查的"恐惧"和后顾之忧。内镜中心还得到后方医院—中山大学附属肿瘤医院的大力支持，捐赠价值400万元的超声内镜一套；由此，林芝市人民医院成为自治区内第一家拥有超声内镜的医院，向建设最先进的内镜中心迈出了坚实的一步。2017年11月11日林芝市人民医院/中山大学附属肿瘤医院共建藏东南地区消化道早癌筛查诊治中心正式挂牌成立，更是标志着预防、诊断和治疗一体，临床、教学和科研并重的现代化内镜中心初现雏形。