普外科（外二科）为林芝市重点专科，南方医科大学南方医院"以院包科"科室。开放床位28张，其中包虫病床位12张，重症抢救室床位4张。科室有本地医师6人，医疗援藏人员3人。学科主任为阿多副主任医师，西藏自治区普外科医学分会委员。科室拥有数字电视腹腔镜、电子胆道镜、超声刀、心电监护仪、无创呼吸机、微量输液泵等先进设备。学科发展要符合本地卫生需求，以包虫病诊治为增长点，发展肝胆外科。医院是林芝市包虫病的定点诊治单位，2名本地高级职称专家和多名援藏专家具备多年的包虫病手术经验，具备相当的技术实力。与清华大学长庚医院联合成立了自治区第一家，由长庚医院执行院长、肝胆胰中心首席专家董家鸿院士主导的包虫病防治院士工作站，使医院精准肝切除能力得到进一步提升。医院正新装备包虫病手术室，并同步开展包虫病的基础、临床研究，把肝胆外科建成以包虫病诊治为特长的重点专科。微创外科为科室的另一个特色，开展腹腔镜下胆囊、阑尾切除术、腔镜下联合胆道镜胆总管切开取石+T管引流术、腹腔镜肝囊肿开窗术、腹腔镜胃穿孔修补术、腹壁疝腔镜下修补术、急腹症的腹腔镜下探查术等微创手术。近5年发表科研论文10余篇，申请科研基金3项。