南通能治疗近视眼的医院有南通大学附属医院、南通市第一人民医院、南通市中医院、南通市第三人民医院、南通爱尔眼科医院等。
1. 南通大学附属医院：其眼科是江苏省医学重点学科，医疗设施齐全，每一位医生都毕业于名校，有着扎实的眼科医疗技术功底，能开展各种特色眼科医疗手术，包括近视眼手术，配备全飞秒、激光矫正设施等先进设备。
2. 南通市第一人民医院：眼科是医院的重点专科，成立于1955年，口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备，有12名专科医生，其中4名是高级职称且拥有硕士学历，还有一批专业的护理人员。
3. 南通市中医院：眼科拥有一批人才梯队结构合理的医师队伍，具有中医诊疗特色，可采用中医疗法解决多种眼部炎症问题，复发少。也可通过西医手段进行近视眼矫正，近年引进美国准分子激光仪器，能更准确操作。
4. 南通市第三人民医院：眼科成立于2001年，能进行基本眼科检查，针对常见或复杂眼部疾病诊疗。坐诊医生大多是主任医生以上级别，还常邀请专家坐诊。2004年购买进口泪道激光机，也引进精良激光设备，可完成近视眼激光手术等。
5. 南通爱尔眼科医院：成立于2017年，位于南通市崇川区，是爱尔眼科集团旗下分院。有不同眼科医疗科室，可针对不同眼部疾病专业诊治，不断加强眼部技术实力提升，多次接受规范化技术训练，在近视眼手术方面有独特操作优势。
以上这些医院在近视眼治疗方面都各有优势和特色，患者可以根据自己的实际情况，如距离远近、医院擅长的治疗方式、个人经济状况等因素综合考虑，选择适合自己的医院进行近视眼治疗。