在南通选择治疗近视眼的医院，可以考虑南通大学附属医院、南通市第一人民医院、南通市中医院、南通市第三人民医院和启东市人民医院等。这些医院在眼科领域各有优势，能为近视患者提供专业的诊疗服务。
1. 南通大学附属医院：其眼科疾病医疗设施齐全，拥有全飞秒、激光矫正设施等先进设备。科室规模较大，有多名副主任医师、主治医师和住院医师，还有专业的医护人员。该医院在眼科疾病治疗方面经验丰富，手外科、医学检验科、血液科、眼科还是省“科教强卫工程”医学重点学科。
2. 南通市第一人民医院：眼科口碑良好，科室成立于1955年，有12名专科医生，其中4名是高级职称且拥有硕士学历，还有一批专业护理人员。医院是集医疗、教学、科研于一体的国家三级甲等综合性医院，拥有Force双源CT、3.0T及1.5T核磁共振等先进医疗设备。
3. 南通市中医院：具有中医诊疗特色，可采用中医疗法解决角膜炎症、葡萄膜炎、眼底出血等问题，复发少。同时也能通过西医手段进行近视眼矫正，近年引进了美国的准分子激光仪器，有助于医生更准确操作。
4. 南通市第三人民医院：眼科成立于2001年，能进行基本眼科检查，诊疗常见或复杂眼部疾病。坐诊医生大多是主任医生以上级别，还会邀请专家坐诊。2004年购买进口泪道激光机，引进精良激光设备，可完成近视眼激光手术、人工晶体植入术等。
5. 启东市人民医院：也是当地治疗近视比较好的医院，在眼科疾病的诊断和治疗方面有一定的技术实力和经验，能为患者提供较为全面的眼科医疗服务。
总之，南通的这些医院在近视眼治疗方面都有各自的特色和优势。患者可以根据自身的实际情况，如距离远近、病情需求、医院口碑等，综合考虑后选择适合自己的医院进行治疗。