南通有不少专业治疗眼科的医院，如南通大学附属医院、南通市第一人民医院、南通市中医院、南通市第三人民医院和南通爱尔眼科医院等。
1. 南通大学附属医院：其眼科是江苏医学重点学科、省级临床重点专科，还是省准分子激光角膜屈光手术及白内障超声乳化技术培训基地。专科设立齐全，设有白内障防治中心、眼科激光中心等，分多个亚专科。拥有省内规模较大的眼科研究所和实力较强的专职科研队伍，在致盲性眼病的分子流行病学及综合防治研究方面有优势，白内障手术较为出色。
2. 南通市第一人民医院：眼科是南通医学重点专科，科室配备专业的眼科设备，有严格的消毒体系。近视眼矫正的医生团队专业，手术操作规范，能提供多种矫正方式，可降低交错感染风险。
3. 南通市中医院：眼科拥有业务素质高且团结敬业的专业人才团队，现有三名高级职称人员。
4. 南通市第三人民医院：眼科创建于2001年，配备了眼科基本检查和诊疗设备。
5. 南通爱尔眼科医院：在南通地区也有一定的影响力，随着眼科技术的发展，该医院也具备自身的特色，能为患者提供较为专业的眼科诊疗服务。
在南通选择专业治疗眼科的医院时，患者可以根据自身的具体病情、医院的优势专科以及个人的实际情况来综合考虑。上述几家医院在眼科领域都有各自的特点和优势，都能为患者提供专业的眼科医疗服务。