南通治疗眼科较好的医院有南通大学附属医院眼科等。此外，周边地区一些与南通有学术合作且眼科实力较强的医院也值得参考，比如阜宁县红十字施庄眼科医院、连云港光明医院等。
1. 南通大学附属医院眼科：在江苏眼科医院排名榜中位居前列，具备先进的医疗技术、齐全的硬件设施以及优良的服务态度，是市临床重点专科，能够开展各种眼科诊疗项目。
2. 阜宁县红十字施庄眼科医院：前身是苏北地区素有声望的刘氏眼科，受到国际CBM组织认可。多年来一直信奉以人为本，与南通医学院附属医院眼科保持着广泛的学术合作，聘请专家常年来院讲课及培养上台动手能力。
3. 连云港光明医院：是一家经市卫生局引进批准设立的具有专科特色的二级医院，属非营利性医疗机构。配有世界尖端的设备，开展高端、微创、复杂的手术，特别是飞秒激光治疗白内障、近视等方面与国际同步，在微创玻璃体视网膜手术方面具有独到之处。医院还凝聚了一批具有博士、硕士学位的高端人才，长期与美国、日本、欧洲眼科同仁进行学术互访。
在南通选择治疗眼科的医院时，南通大学附属医院眼科是本地不错的选择。同时，周边与南通有学术交流的阜宁县红十字施庄眼科医院和连云港光明医院也各有优势，患者可以根据自身的实际情况，如病情的复杂程度、距离远近等因素综合考虑，选择适合自己的医院就诊。