南通治疗眼科较好的医院有南通大学附属医院眼科等。此外，周边一些与南通有学术合作且眼科实力较强的医院也值得参考，比如阜宁县红十字施庄眼科医院、连云港光明医院等。
1. 南通大学附属医院眼科：在江苏眼科医院排名中较为靠前，是当地医疗技术先进、硬件设施齐全、服务态度优良的知名眼科中心，也是市临床重点专科，能开展各种眼科诊疗项目。
2. 阜宁县红十字施庄眼科医院：虽然不在南通，但与南通医学院附属医院眼科保持着广泛的学术合作。其前身是苏北地区素有声望的刘氏眼科，1988年、1989年国际眼科授华代表团曾两次到该院考察，将其定为省、市防盲点，受到国际CBM组织认可。多年来一直信奉以人为本，聘请专家常年来院讲课及培养上台动手能力。
3. 连云港光明医院：同样不在南通，但在苏北地区有一定影响力。这是一家经市卫生局引进批准设立的具有专科特色的二级医院，属非营利性医疗机构。配有世界尖端的设备，开展高端、微创、复杂的手术，特别是飞秒激光治疗白内障、近视等方面与国际同步，在微创玻璃体视网膜手术方面具有独到之处。医院凝聚了一批具有博士、硕士学位的高端人才，长期与美国、日本、欧洲眼科同仁进行学术互访。
南通大学附属医院眼科凭借自身的实力为南通当地患者提供了优质的眼科医疗服务。而阜宁县红十字施庄眼科医院和连云港光明医院虽不在南通，但与南通有一定学术联系且自身眼科实力较强，也为南通患者提供了更多的就医选择。患者可以根据自身的实际情况，如病情、距离等因素，综合考虑选择合适的医院就诊。