在南通，治疗眼科较好的医院有南通大学附属医院眼科、与南通医学院附属医院眼科有学术合作的阜宁县红十字施庄眼科医院、在苏北地区有一定规模的连云港光明眼科医院、扬州地区部分眼科实力较强的三甲综合医院以及集眼病研究等为一体的莒南光明眼科医院。
1. 南通大学附属医院眼科：在江苏眼科医院排名榜中位居前列，具备先进的医疗技术、齐全的硬件设施以及优良的服务态度，是当地知名的眼科中心，也是市临床重点专科。
2. 阜宁县红十字施庄眼科医院：虽不在南通本地，但与南通医学院附属医院眼科保持着广泛的学术合作。其前身是苏北地区素有声望的刘氏眼科，受到国际CBM组织认可，多年来一直注重人才培养。
3. 连云港光明眼科医院：规模较大，是具有专科特色的二级医院。配有世界尖端的设备，在飞秒激光治疗白内障、近视等方面与国际同步，在微创玻璃体视网膜手术方面具有独到之处。医院还凝聚了一批高端人才，长期与国外眼科同仁进行学术互访。
4. 扬州部分三甲综合医院眼科：如扬州苏北人民医院眼科、扬州市第一人民医院眼科等，这些医院科室较为齐全，医生资源丰富，眼科也有一定数量的好评。
5. 莒南光明眼科医院：是一所集眼病研究、保健、诊治为一体的现代化二级眼科医院，多年来坚持以病人为中心的服务理念，病源涉及周边十几个县区，在苏北及鲁东南地区享有一定的声誉。
南通及周边地区有不少在眼科治疗方面表现出色的医院。患者可以根据自身的实际情况，如病情的复杂程度、距离远近、医院口碑等因素，综合考虑选择适合自己的眼科医院进行治疗。