南通有不少治疗眼科效果较好的医院，如南通大学附属医院眼科、与南通医学院附属医院眼科有学术合作的阜宁县红十字施庄眼科医院、在苏北地区有较大规模的连云港光明眼科医院、扬州部分眼科实力不错的三甲综合医院以及江苏排名靠前的东南大学附属中大医院眼科等。
1. 南通大学附属医院眼科：在江苏眼科医院排名榜中位列前十，有着先进的医疗技术、齐全的硬件设施和优良的服务态度，是市临床重点专科，能开展各类眼科诊疗项目。
2. 阜宁县红十字施庄眼科医院：虽不在南通，但与南通医学院附属医院眼科保持着广泛的学术合作。其前身是苏北地区素有声望的刘氏眼科，受到国际CBM组织认可，多年来一直注重人才培养。
3. 连云港光明眼科医院：规模较大，是苏北地区具有专科特色的二级医院。配有世界尖端的设备，在飞秒激光治疗白内障、近视等方面与国际同步，在微创玻璃体视网膜手术方面具有独到之处。医院还凝聚了一批高端人才，长期与国外眼科同仁进行学术交流。
4. 扬州的部分三甲综合医院眼科：如扬州苏北人民医院眼科、扬州市第一人民医院眼科等，这些医院科室齐全、医生众多，眼科也积累了一定的临床经验和良好的口碑。
5. 东南大学附属中大医院眼科：在江苏眼科排名较为靠前，拥有专业的医疗团队和先进的技术，能为患者提供高质量的眼科医疗服务。
在南通选择治疗眼科的医院时，患者可以综合考虑医院的医疗技术、设备、专家团队以及口碑等因素。上述几家医院在眼科治疗方面都有各自的优势，患者可根据自身的实际情况和需求进行选择。