南通有不少治疗眼科疾病效果较好的医院，南通大学附属医院眼科、连云港光明眼科医院、阜宁县红十字施庄眼科医院、东南大学附属中大医院眼科、江苏省人民医院眼科等。
1. 南通大学附属医院眼科：在江苏眼科医院排名较为靠前，具备先进的医疗技术、齐全的硬件设施以及优良的服务态度，是市临床重点专科，能够开展各类眼科诊疗项目。
2. 连云港光明眼科医院：是经市卫生局引进批准设立的具有专科特色的二级医院，属非营利性医疗机构。医院配有世界尖端的设备，在飞秒激光治疗白内障、近视等方面与国际同步，微创玻璃体视网膜手术也具有独到之处。此外，医院凝聚了一批高端人才，还长期与国内外眼科同仁进行学术交流。
3. 阜宁县红十字施庄眼科医院：是集眼病防治、科研为特色的民营专科医院，前身是苏北地区素有声望的刘氏眼科，受到国际CBM组织认可。多年来与南通医学院附属医院眼科保持着广泛的学术合作。
4. 东南大学附属中大医院眼科：在江苏眼科领域有较高的知名度和影响力，拥有专业的医疗团队和先进的技术，能为患者提供优质的眼科医疗服务。
5. 江苏省人民医院眼科：作为省内知名的医院科室，具备雄厚的实力，在眼科疾病的诊断和治疗方面经验丰富，医疗资源丰富。
在选择南通治疗眼科疾病的医院时，患者可以根据自身的实际情况，如病情的复杂程度、距离医院的远近、医院的口碑等因素综合考虑，挑选最适合自己的医院进行治疗。