重庆市中医院药剂科集药品保障、医院特色制剂研发与生产、临床药学服务、教学、科研于一体，是国家中药特色炮制传承基地、中华中医药学会临床中药师培训基地、中国医药教育协会临床合理用药示范基地、重庆市紧缺人才（临床药师）培训基地、重庆市中医药重点学科中药炮制学、重庆市中医膏方培训基地，承担了临床中药师、临床药师的培训，本科生、研究生及规培生的带教，医院制剂的研发与生产，中药炮制、中药膏方技术的培训及推广应用等科研与教学工作，建有全市首家标准代煎药服务中心，配备现代化智能煎药机，能为门诊及住院病人提供快速、优质的煎药服务。科室现有职工226人，高级职称33人，博士研究生11人(含7名在读博士)，硕士研究生42人，硕士生导师4人，"西部之光"访问学者、重庆市中青年医学高端人才、全国中药特色技术传承人才、全国中医药创新骨干人才、重庆市中医药高级人才、重庆市名老中医药专家学术思想继承人等10余人和重庆英才∙创新创业示范团队1个，其中有7名学科骨干担任国家级学术委员会委员或重庆市中医药学会专业委员会主任委员/副主任委员。有专职临床药师15名，涉及呼吸、心内、抗感染、疼痛、内分泌、肿瘤、肾病、妇科、脾胃、全科医学等10个专业，负责中华中医药学会临床中药师培训基地、重庆市紧缺人才（临床药师）培训基地临床中药师、临床药师学员的带教工作，全面开展处方/医嘱审核、用药监护、用药重整、用药教育以及药品不良反应监测上报等工作，为患者安全用药保驾护航。科室下设中药小包装配方部、中药饮片配方部、中药免煎颗粒配方部（A部、B部、C部）、门诊中西成药配方部、住院中西成药配方部、中药库房、中西成药库房、中药制剂室、西药制剂室、制剂研发及药检室、中药膏方制作室、临床药学室等12个专业小组。药品保障配备有传统中药饮片、小包装饮片600余种、中药配方颗粒500余种、中成药500余种和西药1100余种，以满足患者需求。医院制剂获批文品种230个，其中中药制剂100个、西药制剂130个，年销售额约2300万元，近5年平均增长率约30%。特色制剂济生乌梅片、黄马酊、疱疹合剂、铁板丹、维生素Ｅ乳、氧化锌洗剂等，临床效果显著，广受患者好评。科室围绕临床专科特色优势，开展制剂研发和新药转化研究，已获各级科研项目资助130多项，经费500余万元。研究成果"一种治疗更年期综合征的中药复方制剂及制备方法"获中华中医药学会科技发明一等奖，坤泰胶囊、妇安康口服液、参麦注射液成功转让为国家新药。近十年，相继研发出黄马酊、蛭芎通络胶囊、膝可保胶囊、肤光药浴散和十味肾毒清灌肠液等特色制剂。2020年，紧急研发出3个抗击新冠制剂-藿朴透邪合剂、麻杏解毒合剂和柴胡甘露合剂。通过制剂调剂、委托配制和协助研发，实现全市资源共享，让临床疗效确切、使用方便、费用低廉的特色制剂惠及更多区县病患，积极发挥了重庆市中医龙头医院的引领作用。