重庆市中医院药剂科是集药品保障、医院特色制剂生产与供应、药品质量检验、临床药学服务、教学、科研于一体的综合性科室，具有重庆市古验方与中药制剂研究所、重庆市中药炮制技术传承中心和重庆市膏方技术培训基地，承担医院中药制剂研发、生产、中药炮制和中药膏方技术等的推广，建有全市首家标准化煎药服务中心，配备现代化智能煎药机，能为门诊及住院病人提供快速、优质的煎药服务。药剂科下设中药配方部，中药小包装饮片配方部，中药免煎颗粒配方部，门诊中成药、西药配方部，住院中成药、西药配方部，中药煎药室，中药库房，中成药及西药库房，临床药学室，制剂室，药检室，药物制剂研究室等部门。配备有传统中药饮片，小包装饮片，中药配方颗粒，中成药和西药，以满足临床患者的不同需求。目前有中药饮片600余种，配方颗粒500余种，中成药500余种，西药1100余种，能充分保障临床各种特色用药的需要，为患者提供365天全年无节假日就诊服务。科室现有职工212人，高级职称31人，占医院专业技术人员的8.5%，博士研究生4人，硕士研究生29人，分别从事管理、制剂研发、调剂、临床药师等工作。科室现有硕士生导师4人，学科队伍中已涌现出"西部之光"访问学者、重庆市中青年医学高端后备人才、全国中药特色技术传承人才、重庆市中医药高级人才、重庆市名老中医药专家学术思想继承人等中青年高端人才，其中有7名学科骨干担任国家级学术委员会委员或重庆市中医药学会专业委员会主任委员/副主任委员。研究开发了中药新药坤泰胶囊、妇安康口服液、膝可保胶囊、济生乌梅胶囊，专科特色制剂黄马酊于2013年取得医院制剂批准文号。近几年申请到包括国家青年科学基金、科技部"国家新药创制科技重大专项"等在内的国家与省部级课题10余项，项目总经费近500万元，省市级科研成果奖3项，出版专著3部，近5年发表学术论文40余篇。同时，承担了重庆中医药学校等多所高等院校实习生的带教工作，基层医院药学人员的进修工作。临床药学室配备8名专职临床药师，其中5名拥有硕士研究生以上学历，近一半拥有国内进修经历。专职临床药师中有主任中药师1名，副主任药师1名，高级职称占33%。开展以合理用药为核心的临床药学、临床用药评价研究、药物不良反应监测等工作。定期出版本院《药讯》，使之成为药剂科与临床沟通的桥梁。定期进行处方、病历评价，及时与临床科室沟通，减少处方、病历中的不合理因素。制剂室承担了医院中药制剂和西药制剂供应工作。保证各临床科室及患者的用药及时性和安全性。现有制剂品种141个，其中有特色中药制剂96个，19种剂型，如济生乌梅片、铁板丹、清解合剂、疱疹合剂、槐枝合剂、疱疹合剂、肿意膏、活血膏等独具特色的专科制剂。同时，为患者提供具有中医药特色的临方加工服务，如传统制剂膏、丹、丸、散等传统制剂。重庆市中药炮制技术传承中心是国家批准立项建立的17家省级传承中心之一，2015年立项，预计2018年完成建设，2020年建成为重庆市中药炮制研究重点实验室。中心成立有重庆市中药炮制技术传习班，拥有20人传习讲师团队（各区县从事中药炮制20年以上老药工），并聘有顾问专家1人（川帮炮制国家非物质文化传承人胡昌江教授）以指导传承技术工作。