西南医院中西医结合科与风湿病中心长期致力风湿病临床与科研，在类风湿关节炎的治疗方面处于国内先进水平，同时对强直性脊柱炎、骨关节炎、银屑病性关节炎、干燥综合征、赖特综合征、系统性红斑狼疮、系统性硬化症、皮肌炎、多肌炎及各种血管炎等风湿病也有较深入的研究，积累了丰富的临床经验。现有医疗用房面积1077平方米，展开病床46张。设有风湿病专科实验室，并配有关节镜、免疫分析仪、免疫印迹仪、荧光玻片仪、高温低速离心机、流水线式全身动酶联免疫工作站、三洋超低温冰箱、低温标签打印机、DMLB莱卡荧光显微镜、SW-CJ-2FD洁净工作台、生化培养箱LRH-150等诊断治疗设备。目前已开展多种风湿病相关指标的检测，提高了强直性脊柱炎、系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、骨关节炎等风湿病的早期诊断率。2001年由我科方勇飞主任牵头成立的重庆中医药学会风湿病专委会对本地区的风湿病学发展起重要的推动作用。方勇飞主任还担任了中国中西医结合风湿病专业委员会副主任委员及全军中医药学会风湿病专业委员会主任委员，重庆医学会风湿病学专业委员会主任委员。我科2002年获批为国家中医药管理局重点中西医结合风湿病专科建设单位，2005年获批为国家中医药管理局重点风湿病学科。2005年起每年举办全国风湿病治疗进展及科研方法学习班。