陆军军医大学病理学研究所由基础医学部病理学教研室与西南医院病理科于2000年合并组建而成。病理学教研室由著名病理学家晏良遂教授创立于1942年（时称国立中正医学院病理学系），新中国成立后先后隶属中南军区医学院、第六、第七、第三军医大学，晏良遂、程天民、史景泉、刘友生、卞修武教授先后任主任。1978年成为国家首批硕士学位授权学科，1984年成为博士学位授权学科，2000年获批为基础医学博士后流动站。西南医院病理科于1963年开始在病理学教研室指导下开展工作，1970年独立建科（时称第七军医大学长海医院病理科），先后由袁玫、史景泉、陈意生、柳凤轩、于冬梅主持工作、代主任或任主任，经过老一辈病理学家艰苦创业和精心培育，逐步发展成具有一定规模和优势的临床病理科室。重新组建成立研究所后，学术队伍知识结构和人才梯队更加合理，技术力量更加雄厚，学科实现了优势互补和长足发展。现为全军临床病理专科中心、第三军医大学病理会诊中心和重点学科，是全国病理学委员会常委、中国病理科医师协会常委、中国病理学工作者委员会副主任委员单位和全军病理学专委会候任主任委员单位，是军队和重庆市精品课程建设单位。