眼科是重庆医科大学附属大学城医院首批组建的学科之一，集医疗、教学、科研工作为一体，是医院重点学科、是重庆市眼科住院医师规范化培训基地、重庆市眼科联盟成员单位、西南眼科联盟理事单位及全国眼视光联盟理事单位、"百万贫困白内障患者定点医疗机构"、重庆市沙坪坝区眼科医疗质量控制中心。眼科医疗技术力量雄厚，拥有多名临麻经验丰富的高素质人才及眼科专家，拥有眼科专用层流手术室及多项眼科检查治疗手术设备。全面开展眼科诊疗项目，如眼表疾病、屈光不正、白内障与晶状体疾病、青光眼、眼底病、葡萄膜炎、泪道疾病、小儿眼病、斜弱视、视神经疾病等。准分子激光角膜屈光手术、白内障超声乳化手术、ICL手术、玻璃体手术、青少年近视矫正等业务均为高新区唯一可自行开展的业务单位。现有特色医疗技术包括上睑下垂矫正手术、眼睑内/外翻矫正、翼状酱肉切除、羟基磷灰石义眼台植入术、斜视矫正手术、泪道置管手术、泪囊鼻腔吻合术、青光眼引流阀植入术、屈光性白内障手术、微小切口超乳白内障手术、玻璃体腔注药、复杂玻璃体视网膜手术、复杂眼外伤手术、眼内异物取出手术、准分子激光手术（如LASIK、SBK、EK、EPi-LASIK)、有晶体眼人工晶体植入术（ICL）、YAG激光治疗、眼底激光治疗、RGP及角膜塑形镜（OK镜）的验配、睑板腺功能检查及治疗。