内镜室是重庆地区规模较大的规范化消化内镜中心。中心位于2号楼9楼，占地1500平方米，设有候诊大厅、4个胃镜诊疗室、2个肠镜诊疗室、超声内镜诊疗室、经十二指肠镜逆行胰胆管造影室、胶囊内镜室、消化实验室、无痛内镜诊疗区以及现代化的内镜清洗消毒间等。中心采用病人、医护人员和医疗废物三通道设计，内镜清洗消毒采用整体化、智能化内镜清洗消毒系统和全自动内镜清洗机，清洗消毒全过程严格按照卫计委颁布的内镜清洗消毒规范执行，有效杜绝了消化内镜诊疗操作的交叉感染，确保医疗安全。中心拥有进口扇扫超声内镜系统、激光胃肠镜、电子高清胃肠镜、十二指肠镜等一批高端医疗设备，中心除能开展各种常规的内镜检查外，还开展了无痛内镜检查以及多种先进的特殊内镜诊断，如胶囊内镜、电子染色内镜、超声内镜诊断等。中心还开展了各种内镜下微创治疗，如消化道止血治疗，息肉、粘膜下肿瘤的切除；消化道早癌的微创治疗，如内镜下粘膜切除术；食道、胃内异物取出术；消化道狭窄的扩张或支架置入治疗；胃肠内营养管的置放；十二指肠镜下治疗；各种胆胰疾病的内镜介入治疗，如内镜下胆总管结石取出术、鼻胆管引流术、胆总管支架置入引流术、胰管支架置入引流术等；超声内镜下诊疗：如超声内镜引导下细针穿刺术、超声内镜引导下注射治疗术、食管静脉曲张套扎术等。