针灸科是"国家中医药管理局针灸理疗康复特色专科"，九龙坡区残疾人康复中心、区中医药适宜技术推广基地。位于中医大厦六、七楼，六楼为门诊中医综合治疗区及残疾人康复训练大厅，七楼为病区，开设病床32张。科室现有医务人员22人，其中主任医师1人副主任医师1人，主治医师4人；博士1人，研究生3人，本科5人。拥有颈腰椎电动牵引床、蜡疗仪、阿是超声波治疗仪、中药熏蒸床、微波治疗仪、脑循环治疗仪、磁振热治疗仪、神经功能重建系统、骨密度检测仪、康复评估系统及各种功能齐全的康复训练设备。特色治疗：引进卫生部推广项目"醒脑开窍"针刺法，治疗中风偏瘫后遗症、小儿脑瘫、截瘫、失语、假性球麻痹等各种疑难杂症，疗效显著。还开展了推拿、小针刀、穴位埋线、神经阻滞、穴位注射、封闭、中药熏蒸、蜡疗、康复训练等。诊疗范围：一、颈肩腰腿痛：颈椎病、颈腰椎骨质增生、腰椎间盘突出症、肩周炎、膝关节炎、各种骨关节病、风湿性关节炎、骨折后期功能恢复和各种软组织损伤、疼痛病。二、心脑血管病及神经疾病康复：中风偏瘫、面瘫、三叉神经痛、周围神经损伤、面肌痉挛、帕金森氏病及各种神经性疼痛。三、其他疾病：头痛、眩晕、失眠、青少年近视、痛经、胃痛、术后尿潴留、肥胖、疳积、颈痛、肌性斜颈等。