科室下设门诊药房、急诊药房、军人药房、住院药房、中药房、药库、制剂室、药检室、静脉药物配置中心、综合药房（妇儿药房）、临床药学室12个部门。药剂科为医院重要职能科室，正逐步由原来单纯的药品供应型向综合药学服务型转变，成为集药品供应管理、临床药学服务、教学与科研为一体的技术职能部门，负责全院药品供应保障、制剂生产、临床药学和药事管理的相关工作，开展药物不良反应监测、临床合理用药监控、药学研究等工作。承担国家新药创制重大专项1项，北京市科委课题2项，军队科研基金课题2项，军事医学科学院科研课题1项，军队转化医学课题1项。药剂科拥有一支具有专业理论知识、专业技能及一定临床用药经验的药师队伍，现有高级职称1名，中级职称17名，初级职称56名，硕士14名，本科生68名。全科人员不断更新服务理念，树立以人为本的服务意识，为临床病人提供全方位的服务及用药咨询。同时，药剂科积极开展临床药学工作，能够深入临床，开展查房、会诊、咨询、患教等工作，与临床医师、护理人员及其他医务人员共同组成治疗团队，充分发挥专业优势，提供药物信息，调整或优化治疗方案，定期编写《医院药学通讯》和处方手册，发布用药警示信息，并开展合理用药知识讲座，每月拟定《合理用药审查通报》，借助信息化手段加强药事管理，处方/医嘱点评工作高效快捷。