婴儿粪便检查检出真菌，可能是肠道菌群失调的表现，也可能是标本污染所致。家长发现检查结果异常时，应结合宝宝的临床症状，及时咨询儿科医生，由医生综合判断后决定是否需要治疗，切勿自行给宝宝用药家长应密切观察宝宝的大便变化和精神状态。。
1、婴儿便检发现真菌的常见原因是肠道菌群失调，多发生于长期使用广谱抗生素后，正常肠道细菌被抑制，真菌趁机大量繁殖。此外，免疫力低下、喂养不当、卫生条件差也可导致真菌在肠道定植增多。有时标本存放时间过长或容器污染也可能造成假阳性结果，需综合判断。
2、若真菌感染引起症状，宝宝可表现为腹泻、大便呈豆腐渣样或泡沫样、腹胀、食欲减退和哭闹不安。口腔可能出现鹅口疮，表现为颊黏膜白色斑块。严重者可因腹泻导致脱水、电解质紊乱和体重不增。但部分宝宝虽便检有真菌，却无任何临床症状，仅为定植状态，无需治疗部分宝宝可能仅表现为食欲下降和哭闹增多。。
3、无症状的真菌定植通常无需特殊抗真菌治疗，可遵医嘱使用双歧杆菌三联活菌散或枯草杆菌二联活菌颗粒调节肠道菌群。有症状者在医生指导下使用制霉菌素混悬液口服。严重感染需遵医嘱使用氟康唑干混悬剂。切勿自行给宝宝使用抗真菌药物，以免引起不良反应。
4、家长护理应注意母乳喂养的妈妈保持乳头清洁，奶具严格煮沸消毒。人工喂养者注意奶粉调配卫生，现配现喂。保持宝宝臀部清洁干燥，预防尿布疹和真菌继发感染。观察宝宝大便性状、次数和精神状态，做好记录供医生参考。注意手卫生注意奶瓶和奶嘴的消毒，防止交叉感染。。
5、预防应避免不必要的抗生素使用，必须使用时遵医嘱并配合益生菌。注意奶具和饮食卫生，防止病从口入。保持宝宝生活环境卫生，避免接触感染者。增强宝宝免疫力，按时接种疫苗，保证充足营养和睡眠。母乳喂养有助于建立正常肠道菌群。
家长发现宝宝便检有真菌不必过度紧张，应结合临床症状由医生判断是否需要治疗。若宝宝出现腹泻加重、发热、精神萎靡或脱水表现，应立即就医。宝宝用药必须严格遵医嘱，家长不可自行判断用药。定期复查便常规观察变化。