中国中医科学院西苑医院针灸科，于1955年国家创建中医研究院附属医院时建立，是建院初期最早设立的7个临床科室之一，也是全国成立最早的针灸科之一,具有60余年的发展历史。60多年来，在针灸伤寒大家黄竹斋主任、国家药管理局第一批师带徒指导老师主任医师阎润茗主任、以及主任医师叶成亮主任等老一辈专家不断耕耘下，在各个时期形成了各自鲜明的针灸特色。2013年医院新门诊大楼启用，针灸科门诊扩大为6个诊疗室，33张治疗床位，在主任医师王克键主任带领下，针灸科进一步发展壮大。最近几年由主任医师陆永辉主任全面主持针灸科工作，医教研三位一体全面发展。针灸科目前有医师10人，其中主任医师2人、副主任医师2人、主治医师5人、住院医师1人，科室人员多数具有硕士或博士学历或学位，日均门诊量300-400人次。针灸科主持和参与科技部国际合作项目，科技部"十二五"科技支撑计划项目，北京市科委"首都临床诊疗技术研究及示范应用"专项，北京市卫健委"首都卫生发展科研专项"，中国中医科学院中医药"一带一路"国际合作项目等科研课题。针灸科是北京市中医管理局住院医师规范化培训"三优教学团队"。针灸科是最具特色的传统科室之一，在治疗和预防疾病方面一直发挥着不可替代的作用。临床开展的传统特色疗法有：毫针、芒针、三棱针、梅花针、圆利针、揿针、火针、电针、穴位贴敷、耳穴埋豆、拔火罐等疗法，以及头针、面针、眼针、耳针、腹针、腕踝针等微针疗法。针灸疗法具有适用症广泛、疗效显著、无副作用等特点，临床可以治疗脑病科、骨伤科、内科、男科、妇科、五官科、皮肤科等疾病，治疗常见多发病有100多种。例如：脑病科疾病——中风偏瘫，痴呆，面瘫，面肌痉挛，抑郁症，失眠，头痛，头晕，复视，三叉神经痛等；骨伤科疾病：颈椎病，肩周炎，"网球肘"，"鼠标手"，腰椎盘突出症，腰肌劳损，坐骨神经痛，膝关节骨性关节病，跟腱炎等；代谢、消化系统疾病——糖尿病，肥胖症，急慢性胃炎，消化不良，功能性腹痛、腹泻、便秘，肠易激综合征等；呼吸、心血管系统疾病——急慢性支气管炎、支气管哮喘、冠心病、高血压病、心脏神经官能症等；男科疾病——前列腺增生、前列腺肥大、慢性前列腺炎等；妇科疾病——月经不调、痛经、闭经、盆腔炎、产后抑郁、更年期综合征、压力性尿失禁等；皮肤科疾病——带状疱疹、湿疹、风疹、痤疮、黄褐斑等；五官科疾病——突发性耳聋、神经性耳鸣、过敏性鼻炎、干眼症等。针灸科目前开设的主要专病门诊有：面瘫专病、紧张型头痛专病、中风专病、失眠专病、过敏性鼻炎专病、颈椎病专病、慢性腰肌劳损专病、单纯性肥胖症专病、男性前列腺增生专病、女性压力性尿失禁专病等。